国連支援交流協会は、1988年に米国ニューヨークで設立された財団法人Foundation for the Support of the United Nations Inc.に端を発します。

当時1988年頃の日本では、国連の情報は外務省を通じてかなり遅れて入ってくる状況でした。また国連が資金難で、国連事務総長（当時）のデクエアル氏から直々に「国連を支援するNGOを創ってほしい」と依頼されたことをきっかけに設立の運びとなりました。
設立にあたっては、日本では法制度面において米国よりはるかに高額な資金が必要だったことや、特定の省庁に紐づいた形になりNGOではなくなってしまうことを避けるためもあり、日本でなく米国ニューヨークで財団法人登記をすることとしました。

創設者は元米国国連大使リチャード・ピートリー氏、国連事務次長（当時）明石康氏、衆議院議員（当時）渡部一郎氏の3名で、初代理事長にアシックス創業者の鬼塚喜八郎が就任しました。鬼塚氏はスポーツ文化の普及において世界各国に知られる存在であったことなどから選任されました。

世界国会議員会議、学生模擬国連などの開催や、カンボジアをはじめ途上国支援など数多くの活動実績を上げ、1996年には国連のECOSOC（経済社会理事会）に「総合諮問資格」を有するNGO（旧カテゴリー1）に認定されました。

その後も精力的に活動を続ける中、1998年12月に日本で特定非営利活動促進法（通称NPO法）が施行されたことを受け、活動主体となっている日本で法人設立を求める機運が高まり、翌99年9月、内閣府認証のNPOとして特定非営利活動法人国連支援交流協会を設立しました。
英文名称・略称は変わらずFoundation for the Support of the United Nations Inc.であり、米国国連支援財団の流れをくむ唯一の公式パートナーとして現在に至っています。